十九世紀發生的『鴉片戰爭』和『太平天國』，埋下近代華人對基督教產生障礙與誤解的根源，更促成1900年爆發『義和團反教慘案』，約188名西方宣教士、20000名中國信徒被私刑虐殺，西方列強藉機發動『八國聯軍』蹂躪京師，並迫清廷簽下喪辱和約。迎接中國跨入二十世紀的首頁歷史，不是輝煌燦爛，而是不堪回首的國恥，這叫憑藉不平等條約而在中國傳播的基督教，自然而然被國人視為帝國主義侵略的共犯一環，並成為民族情緒宣泄報復的對象。
廿世紀最初的20年，『反基督教』遂成為中國社會運動的鮮明旗幟，『五四啟蒙風潮』在鼓吹推翻傳統孔孟思想之同時，也不忘激化民心擠壓對付外來的洋教。然在排山倒海的衝擊與殉道者的血泊中，悄悄孕育了批深度影響廿世紀神州福音事工的嬰孩，例如：1900年誕生的王明道、1901年誕生的宋尚節、1902年誕生的倪柝聲，這批在『義和團反教慘案』中出生的人，後來都成為撐起中國教會的中流砥柱。

1900年代的殺戮逼迫，並沒有讓教會像唐宋、明清時被連根拔起，反而顯出綠意盎然。1949年解放前夕，這棵栽植於古老堅硬土地上的樹苗，在殉道者的熱血澆灑灌溉後，一下子結出多倍的果實來(基督徒與天主教徒的總數由80萬增長達400萬)，並設大學13所、中小學6000間、醫院近千座，對廿世紀的中國之教育、醫療、衛生、新聞、翻譯、出版等有重大的貢獻。然比『義和團慘案』更強勁的風暴正步步逼近，欲摧折這棵才剛紮根的小樹。
1949年，中國共產黨接管大陸，國民黨遷台。由於在中共的眼中，教會乃帝國主義文化侵略的產物，於是訂下『西方傳教士強迫離華，本土傳道人接受無神論教育，全面進行思想改造』的宗教政策，強制切斷中國教會與外國差會之任何關係。1950年韓戰爆發，中共總理周恩來唆使吳耀宗、李儲文、丁光訓為首的一干教會領袖，出面籌組『中國基督教抗美援朝三自革新運動委員會』，從此，這個『三自革新運動委員會』就成為共黨整肅教會界的打手，在『統戰部』幕後策動的『控訴運動』中，成千上萬的傳道人、平信徒被扣上“帝國主義特務、地下惡霸流氓、反革命壞分子、牛鬼蛇神”等莫須有的罪名，紛紛遭到逮捕迫害，僅安徽、浙江、江蘇、山東四個省，短短一個月間就處決了176,000位忠貞信徒。
1954年，完成“刨根”任務的『三自革新運動委員會』改制為『三自愛國運動委員會』，頒佈『愛國公約』，接手進行另階段名為“合一”的任務。基本上，有形的教會組織至此已全然消失，但由於中共憲法第 36 條云：『明確保障公民的宗教信仰自由』，故特別留下幾間大城市中的教堂，以作為『自治、自養、自傳的樣版教會』，例如：上海由280間剩8間、天津由40間剩1間、北京由60間剩2間、廣州由52間剩1間。這些個『官方樣板教會』，屬基督教的叫『三自教會』，屬天主教的叫『愛國教會』，兩者統稱『三自愛國教會』。(『愛國公約』中嚴禁外籍人士入境傳教，僅『宗教局』發給證件者才准傳道；規定禮拜儀式只能在樣版教會內進行，會堂外通通不許談道；講稿須先經上級審閱；不許在街上派發單張；不許收聽海外福音廣播或錄音帶與閱讀屬靈書籍；不准拉18歲以下的青少年施洗入教；不許共產黨黨員信主』)

『三自愛國教會』是官方一手策劃建立的，乃隸屬於『統戰部』及『宗教局』監督下的公家部門，其宗旨白紙黑字寫道：『在黨和政府領導下進行宗教活動，也就是說，官方認可的教會之元首，不是主耶穌而是無神論的中國共產黨』。這個『三自教會的頭是共產黨，而不是基督』之最高指導原則，也就成了信仰堅貞的信徒，寧死也不願登記加入三自的最大障礙。自此，大陸信徒只能在官方認定“合法”的『三自愛國教會』，或官方認定“非法”的『地下家庭教會』中擇一而棲。(『地下教會』通常在家庭中秘密聚會，故也稱『家庭教會、炕頭教會、聚會點』)
欲達成將地下教會斬草除根的目標，自『控訴運動』後，中共連番祭出『鎮壓反革命運動、知識分子思想改造運動、土地改革運動、三反運動、五反運動、肅清反革命運動、三面紅旗運動、四清運動、社會主義教育運動、文化大革命運動、清除精神污染運動、反罪惡運動』，其矛頭每每指向家庭教會，而負責滲透入地下教會臥底者，正是“吃黨飯”的三自牧師們。 這一掛“國家幹部”，常通風報信、裡應外合出賣聚會點被抄獲，更在批鬥會上帶頭叫囂：『將家庭教會傳道人鬥死鬥臭方休』，以換得錦衣玉食、宿舍轎車，而那被“宗教特務”所媾陷，家業遭充公被掃地出門關牛棚，或發配戈壁蠻荒勞改，或下坑挖礦者不知凡幾，這也是地下教會至今不願善罷甘休，而與三自水火不容的主因。
地下教會從不埋怨共黨，他們深信，若不是主首肯也不致落入熬煉中，但地下教會決不輕饒三自那批賣友求榮的雜碎。但不少海外福音機構不明就理，如葛培理、滕近輝、周聯華、寇世遠等，一直找三自接頭合作，且對家庭教會的“不肯饒恕”不以為然，並抨擊道：『雙方為何不能彼此相愛合一呢？地下教會為何不能忘記仇恨呢？』，形同在遍體鱗傷的家庭教會上再灑鹽、再捅刀，真是情何以堪啊！(在明白三自的邪惡本質，與其出賣信仰良知的齷齪不齒行為後，您還會想充當和事佬，勸兩造握手言歡嗎？請問『饒恕、合一』的前提為何呢？)
1966~76年的『文化大革命』中，活生生上演了齣『狡兔死、走狗烹』的戲碼。那在天安門廣場上向毛主席這位“人神”宣誓『要把舊世界砸個稀巴爛，建設一個無產階級新世界』的紅衛兵，不單清算地下教會的右派傳道人，就連三自的左派牧師也給揪出來鬥爭遊街。許多蟄伏在家庭教會的“宗教特務”，一下子真正的身份給曝光了，這時大家才恍然大悟，怎麼平時一幅道貌岸然樣，人前口口聲聲『哈利路亞，讚美主』的敬虔人，竟然是披著羊皮的狼。當年遭紅衛兵整肅的三自牧師，今天振振有詞地提說曾經如何為主受苦坐牢，無知的海外人士還真的相信了。
在那『造反有理、革命無罪』的十年浩劫中，傳道人幾全被囚，《聖經》都快絕跡，教會活動全面停擺(包括三自)，江青洋洋得意地說：『基督教給丟進博物館了』。事實上，信徒暗地跋山涉水躲到山巔海角祕密聚會，在如此嚴峻的環境下，鍛鍊出一批心志堅定的『平信徒領袖』來，其成為1980年代農村教勢大躍進的主力戰將。(另外，當年有些外籍宣教士以大學講師的身份作掩護，在熄燈後的狹小校舍內秉燭偷組學生查經團契，默默將福音種子撒在知識青年這塊領域上。1978年中共開放留學政策，放飛約40萬的知青，其中半數前往美國，不少優秀學人在海外信主，學成後寧選擇回鐵幕，其背後動力竟是『回祖國傳福音』，直叫人動容)
毛澤東斃命文革結束，那自韓戰起就被關在牛棚窯洞裡的那批傳道人，諸如王明道、倪柝聲、林獻羔、謝模善、袁相忱、李天恩----陸續刑滿獲釋，但中共對這些年近花甲、老態龍鍾的殘人依舊不鬆箝制，強要他們登記加入三自，但他們給中共的答覆，一如20年前入獄時一般，因此才重見天日就又三天兩頭地被抄家、傳訊、拘捕，進出監所成了家常便飯。文革錘鍊出的那批年輕的平信徒領袖，此時銜命上陣，但馬上被當地的公安通緝，只好亡命天涯，從松花江畔到瀾滄江邊，福音種子隨走隨撒，靈風狂襲廣大農村，神蹟奇事隨著這群不起眼的小人物飄泊四方。世人決難想像，一個個沒學經歷，也無神學裝備的村夫、村婦，其竟是發展成千上萬個聚會點的負責人，底下牧養著百萬隻羊，這類膾炙人口、震撼人心的傳奇史詩，在那嚴酷的年代裡俯拾皆是。

由於中共近年拼經濟，在外商活絡的沿海省份，總得考量國際視聽以免嚇跑外資，故當地公安單位對教會採較寬鬆的管理方式，於是一種『登記在三自名下，卻拒絕受三自法條節制，也不認同家庭教會』的“自主型教會”於焉產生，打破以往“二選一”的無奈，提供了第三種選擇。(可別天真以為內陸省份的教會也享相同待遇，“一張一弛”是毛主席的路線，沿海呈現寬鬆時，可以想見內陸信徒恐又遭殃了)
此型教會不屑三自牧者像哈巴狗似地唯黨命是從，同時也反對家庭教會的排他封閉之山頭主義與寡頭威權之獨裁領導。此型教會以『合法兼自主』為號召，既強調傳福音也守法愛國熱心公益，因此從三自與地下教會磁吸大量信徒加入，目前正急速發展中。